한편 정권 밖에서 이승만 정권의 부정부패와 독재에 대항하는 교수 참여도 두드러졌다. 3·15부정 선거에 항거하기 위해 서울 내 대학 교수 258명은 이승만 대통령의 하야와 정·부통령재선거를 골자로 하는 시국선언문을 채택했으며, 4·19혁명으로 구속된 학생들의 즉시 석방을 요구하는 가두시위를 벌이기도 했다. 이는 자유당 정권 퇴진에 결정적인 계기가 됐다는 평가를 받는다.
이 시절 주목할 점은 당시 정권에 참여했던 교수들을 흔히 ‘어용 교수’라 칭했던 것이다. 박정희 대통령의 지도이념을 입법 활동에 구현하기 위해 구성된 ‘유신정우회(약칭 유정회)’엔 △신범식(공보부·경북대) △김기형(과기처·대구대) △이해원(보건사회부·성균관대)교수 등이 활동했다. 또한 유신헌법의 개정과 정당성을 알리는데 서울대의 △갈봉근 △한태연 △박준규 교수 등이 앞장서기도 했다. 전두환 정권 때 정치의 틀을 강압적으로 조정하기 위해 구성된 국가보위입법회에도 다수의 교수들이 참여했다.
이에 반해 대학자율 침해와 학문사상의 자유를 억압하는 군사정권에 저항하는 교수들의 움직임도 있었다. 1971년 정부의 정치적 간섭과 관료적 운영으로부터 대학의 자주성을 보호하려는 국공립대학 교수들의 ‘학원자주화선언’, 유신체제 하 전남대 교수들의 ‘우리의 교육지표선언’은 박정희 정권의 교육 이념이었던 국민교육헌장을 전면으로 비판했다. 이는 전국의 지식인과 사회단체의 지지를 받았으며, 1979년 유신체제의 종언과 1980년 광주민주화운동으로 이어졌다는 평가를 받는다. 또한 1987년 전두환 정권의 ‘4·13호언조치’에 맞서 전국 48개 대학, 1513명의 교수들이 이에 반대하는 시국선언문을 발표했으며 ‘민주화를 위한 전국교수협의회(역칭 민교협)’을 창립했다.
군사정권 이후 출범하는 정권들에선 교수의 참여가 더욱 활발하게 이뤄진다. 문민정부는 과거 민주화 운동에 참여했던 교수들을 대거 등용했다. 문민정부 당시 교수 출신 장관은 17명으로, 김대중(13명) 노무현(13명) 정부 때보다 많다. 일각에서는 이를 “문민정부라는 것을 부각시키려는 의도”라고 해석하기도 한다.
교수의 참여가 두드러지지 않았던 국민의 정부 이후 참여정부는 관료 중심의 내각이었지만 교수의 참여 역시 활발하게 이뤄졌다. 하지만 386운동권 출신과 교수 출신 사이의 대립이 많아 교수 출신 장관들이 중도 사퇴하는 사례가 많았다. 한편 지방균형발전정책에 의해 지방대 교수들이 이전에 비해 대거 발탁됐다는 점과 초대 내각에서도 고졸 및 지방대 출신을 장관으로 임용한 경우가 많다는 점이 두드러진다.
한편 이번 이명박 정부에서는 대선 전부터 교수들의 활동이 활발했다. 대선 전 ‘선진경제 도약을 열망하는 지식인 1000인 선언’에서는 지식인 1016 중 643명이 교수였다. 또한 첫 내각에서는 △김도연(교육과학기술부·서울대) △백용호(금융감독·이화여대) △김성이(보건복지가족부·이화여대) △이영희(노동부·인하대) △유인촌(문화체육관광부·중앙대)교수 등 현직교수 출신이 많아 ‘교수 내각’이라 불리기도 했다.
