일각에선 응원단 전체 재정에 비해 특별기구 지원금의 비중이 적다 보니 전학대회의 결정만으론 응원단을 견제할 수 없다는 지적이 나왔다. 이번 예결산안 부결로 인해 응원단에 지급 중지된 1학기 예산은 260만 원이다. 그러나 응원단이 상반기 전학대회에 제출한 수입내역에 따르면 입실렌티 티켓판매비가 1억 400 만원, 광고 및 스폰 금액은 4920만 원 이다. 응원단의 2011년 고연전 수입 총액은 1억 원에 달한다. 사정이 이렇다 보니 총학생회차원에서 응원단에 제재를 가하는 방법도 논의되고 있다. 박종찬 안암총학생회장은 “응원단이 매년 지적되는 예결산 문제에 성실히 임하지 않는다면 학생차원에서 입실렌티를 보이콧 하는 등의 단체 활동으로 이어질 수도 있다”며 “응원단의 재정문제가 고쳐지지 않을 경우 2000만 원 상당의 교비지원을 중단하는 것도 생각중이다”고 말했다.
응원단 측은 특별기구 지원금은 학생들이 직접 주는 돈이기에 결코 가볍게 생각하지 않는다는 입장이다. 응원단의 재정문제에 대해 함준영(공과대 기계07) 응원단장은 “총무 혼자서 큰돈을 관리하다보니 영수증이 누락 되는 등 여러 가지 부족한 부분이 많았다”며 잘못을 인정했다. 이어 “올해 단장에 취임하고 나서 재정관리에 특히 신경쓰고 있으므로 하반기 전학대회에선 더 이상 문제가 없을 것이다”고 말했다.