촘스키 언어학이 실용성이 떨어진다는 평가도 있다. 'Beyond Chomsky'란 인터넷 사이트를 보면 “촘스키의 언어학 이론이 실제의 언어생활과 아무런 관련이 없는 것이 지난 몇 년 사이에 확실해졌다”며 어떠한 학문적 진보나 실용성을 보여주지 않는다고 비판한다. 그러나 촘스키 이론 지지자들은 언어학과 같은 연성과학의 실용성은 물리학 등의 경성과학의 실용성과 비교하기 힘들다고 말한다.
또한 촘스키 이론은 동시에 재 정의된 연구자들 집단에게 해결할 갖가지 문제를 남겨 놓을 만큼 아주 개방적인 이론이라는 평가를 받는다. 촘스키 관련 서적 번역가 강주헌 씨는 “그의 언어이론에 관련된 책을 추적하면 그가 다른 학자들, 심지어 제자의 생각까지 기꺼이 수용하면서 자신의 생각을 수정해 나가는 것을 볼 수 있다”고 말한다. 실제로 그는 그가 현대 언어학의 판도를 바꾼 지 반세기가 흐르는 동안 수많은 당대의 반대자들로부터 제기되는 비판을 수용하면서 이론을 보강해왔다. 한 예로 촘스키 이론 중 하나인 보편문법은 생득적이라는 것의 검증을 위해 많은 심리학자, 생물학자, 언어습득학자들이 노력을 기울여 왔다. 그 중 일부는 근거를 얻은 것으로 보이고 일부는 실패한 가설로 폐기되기도 하였다. 그런 의미에서 촘스키의 언어학은 기존의 어떠한 이론보다도 강력한 학문적 역동성을 가졌다는 평을 얻는다.
한편 촘스키 언어학은 인간의 두뇌 쪽에 연구 초점을 맞추는데 이는 언어학과 연관성을 가질 수 있는 인문 사회적 토대를 무시하는 것이 아니냐는 평이 있다. 이 점에 대해서는 많은 학자들 뿐 아니라 촘스키 자신도 동의하는 것이다. 이에 관해 촘스키는 언어를 내재언어와 외재언어로 구분해 자신의 연구가 개인의 두뇌와 연관된 내재언어를 대상으로 한다고 언급한 바 있다. 이로 인해 촘스키 언어학은 인지과학으로 불리기도 하고 언어학이 생물학으로 포섭됐다고 한다.
촘스키의 업적의 주요 부분을 특징짓는 것은 수학 공식의 사용과 대수학적 스타일로 표현했다는 점이다. 그래서 촘스키 이론이 지나치게 복잡하고 추상적으로 보일 수 있다. 그러나 아인슈타인이 상대성 이론을 증명하기 위해 사용한 공식이 물리학에 종사하는 사람들에게 간단할지 모르지만 타 분야의 사람들에겐 추상적이듯 기존 언어학 방법론에 있어서 어려울 수도 있다는 것이 장 교수의 견해다. 또한 전문가들은 촘스키가 현대 언어학 사상에 가장 크게 기여한 점으로 수학 공식 등의 사용을 통한 연역적 발견절차를 꼽는다. 그리고 언어학 분야의 그 이전 세대의 연구자들과 이론가들의 귀납적 발견절차와 기술적 적합성을 얻으려는 시도로부터 결별한 점도 장점으로 여겨진다.